Obec Mlýny leží v údolí Chrbonínského a Černovického potoka při silnici z Černovic do Soběslavi. Od Černovic je vzdálená osm, od Soběslavi šestnáct kilometrů. Chrbonínský potok se na jižním okraji obce vlévá do potoka Černovického, který dále teče přes Tučapy a v Soběslavi se vlévá do Lužnice.
